中国科学院青岛生物能源与过程研究所科研部门据2015年10月研究所官网显示，该所建有2个中国科学院重点实验室、12个省部级平台
该所作为山东省国际科技合作基地，分别与美国波音公司共建了“可持续航空生物燃料联合研究实验室”，与澳大利亚西澳大利亚大学联合成立了“中澳生物质综合利用联合研究中心”并与澳方成立了“中国-澳大利亚能源与矿业联合研究中心暨联盟”，与美国明尼苏达大学联合成立“生物质工程联合研究中心”
国家实验室：青岛海洋科学与技术国家实验室 中国科学院重点实验室：中科院生物燃料重点实验室、中科院生物基材料重点实验室 省级重点实验室：山东省遗传资源重点实验室等 市级重点实验室：青岛市太阳能与储能重点实验室等
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