中国科学院南京地理与湖泊研究所科研部门截至2014年底，中国科学院南京地理与湖泊研究所设有一个国家重点实验室、一个中国科学院重点实验室、湖泊生态与环境工程研究中心、区域发展与规划研究中心和湖泊野外观测与数据中心（含太湖湖泊生态系统国家野外观测研究站、鄱阳湖湖泊湿地观测研究站、抚仙湖高原深水湖泊研究站和湖泊-流域数据集成与模拟中心）
国家重点实验室：湖泊与环境国家重点实验室 中国科学院重点实验室：中国科学院流域地理学重点实验室
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