中国科学院南京地理与湖泊研究所教学建设自1982年到2013年10月，中国科学院南京地理与湖泊研究所累计培养研究生近600余名（其中培养博士300多名）
截至2014年底，中国科学院南京地理与湖泊研究所共有在学研究生182人（其中硕士生73人、博士生109人）、在站博士后16人
2013年，该所研究生孙小祥、戴雪获“中国自然资源学会2013年学术年会青年优秀论文奖”
2014年，该所胡竹君博士获2014年度中国科学院优秀博士论文奖 ；该所2011级博士研究生朱梦圆同学、2012级博士生马明明同学获得2014年度中国科学院院长优秀奖学金
2015年，该所2013级博士研究生刘笑菡同学获得2015年度中国科学院院长优秀奖学金 ；该所2013届博士曹艳敏荣获江苏省2014年度优秀博士论文奖 ；该所2012级博士研究生马明明同学、2013级博士研究生高金龙同学等二人荣获2015年度中国科学院“朱李月华优秀博士生”奖 ；该所赵雁捷硕士获国际湖沼学会PEG2015会议“优秀报告奖”
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