中国科学院上海有机化学研究所科研成果截至2018年3月，有机所共获得各种科研成果奖354项，包括国家三大奖73项，其中国家自然科学一等奖3项（合作2项）、二等奖19项（合作1项）；国家创造发明奖3项（合作1项）、国家发明二等奖4项（合作3项）；国家科技进步奖特等奖3项（合作）、一等奖1项（合作）、二等奖11项（合作5项）；中国科学院科技成果奖145项，其中一等奖28项；上海市科技成果奖86项，其中一等奖19项；获授权专利595项（其中PCT18项），共发表学术论文10466余篇

  2017年1月5日，高效不对称碳-碳键构筑若干新方法的研究项目荣获2016年度自然科学二等奖

上海有机所部分科研成果奖一栏表获奖名称主要完成人获奖类别授奖部门获奖时间基于手性膦氮配体的不对称催化侯雪龙、戴立信、游书力、严小霞、彭谦自然科学奖中华人民共和国国务院2013抗肿瘤新药盐酸吉西他滨及制剂的研制和产业化（合作）林国强、岑均达、吕爱锋、赵军军、吴羽岚、蒋昌盛等科技进步奖中华人民共和国国务院2013两性离子导向的化学键活化与重组施敏、魏音、邵黎雄、徐永梅、陈连辉自然科学奖上海市人民政府2013基于手性膦氮配体的不对称催化侯雪龙、戴立信、游书力、严小霞、彭谦自然科学奖上海市人民政府2013基于边臂策略的立体化学控制与催化反应研究唐勇、孙秀丽、叶松、周剑、康彦彪自然科学奖中华人民共和国国务院2012基于边臂策略的立体化学控制与催化研究唐勇、孙秀丽、叶松、周剑、叶龙武自然科学奖上海市人民政府2011具有重要生理活性的复杂糖缀合物的化学合成俞飚、惠永正、王来曦、邓绍江、卢寿福自然科学奖中华人民共和国国务院2010基于炔烃和联烯的一些反应化学研究麻生明、顾振华、焦宁、姜雪峰、陆平自然科学奖上海市人民政府2010基于组合方法与组装策略的新型手性催化剂研究丁奎岭、袁宇、王兴旺、龙江、刘自然科学奖中华人民共和国国务院2009金属参与的联烯化学中的选择性调控麻生明、施章杰、赵士民、俞瞻前、魏琦自然科学奖中华人民共和国国务院2007一些氨基酸衍生物的反应、合成及性质研究马大为、邹斌、余尚海、俞寿云、蔡倩自然科学奖中华人民共和国国务院2007金属参与的联烯化学中的选择性调控麻生明、施章杰、赵士民、俞瞻前、魏琦科技进步奖上海市人民政府2004氨基酸衍生物的反应、合成及性质研究马大为、邹斌、余尚海、俞寿云、蔡倩科技进步奖上海市人民政府2005具有重要生理活性的复杂糖缀合物的化学合成惠永正、俞飚、王来曦、邓绍江、卢寿福自然科学奖上海市人民政府2006过渡金属卡宾和卡拜络合物化学研究陈家碧、唐拥军、王锐涛、张庶、肖努自然科学奖上海市人民政府2006手性半合成紫杉醇（合作）许杏祥、魏宪明、谢庆潮、胡宗琳、陆世红、蒋素清科技进步奖上海市人民政府2006含氟杂环化合物合成方法学研究朱士正、金桂芳、宋力平、唐小清、陈坚自然科学奖上海市人民政府2007高端氟化试剂系列研制与开发(合作)吴斌才、詹家荣、顾小焱、田伟生、顾榴根、沈友昌、刘志平科技进步奖上海市人民政府2007基于组合方法与组装策略的新型手性催化剂研究丁奎岭、袁宇、王兴旺、龙江、刘自然科学奖上海市人民政府2008先进技术集成的红霉素生产新工艺(合作)张嗣良、储炬、庄英萍、曾伟、刘文、钱江潮等科技进步奖上海市人民政府2008 

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