中国医学科学院药物研究所科研部门根据2019年3月研究所官网显示，中国中医科学院药物研究所下设合成药物化学、天然药物化学、药理学、药物分析、生物合成、药物筛选、药物晶型、药物制剂、药物代谢、新药开发等9个所级研究科室；其中，建有1个国家重点实验室，7个省部级重点实验室，2个中国医学科学院重点实验室

 国家级重点实验室（1个）：天然药物活性物质与功能国家重点实验室国家级研究中心（3个）：国家药物及代谢产物分析研究中心、国家新药开发工程技术研究中心、国家药物筛选中心省部级重点实验室（7个）：国家卫生健康委员会天然药物生物合成重点实验室、活性物质发现与适药化研究北京市重点实验室、药物传输技术及新型制剂北京市重点实验室、药物靶点研究与新药筛选北京市重点实验室、晶型药物研究北京市重点实验室、新药作用机制研究与药效评价北京市重点实验室、创新药物非临床药物代谢及PK/PD研究北京市重点实验室中国医学科学院重点实验室（2个）：中国医学科学院小分子肿瘤免疫治疗药物研究重点实验室、中国医学科学院代谢紊乱和肿瘤发生相关机制和靶点发现重点实验室中国医学科学院研究中心（1个）：中国医学科学院新药安全评价中心所属研究机构（9个）：合成药物化学研究室、天然药物化学研究室、药理学研究室、药物分析研究室、生物合成研究室、新药开发研究室、药物制剂研究室、药物代谢研究室、药物晶型研究中心  

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