中国农业科学院上海兽医研究所研究部门据2017年12月研究所官网显示，研究所设有动物血吸虫病、寄生虫病、动物药学、猪传染病、禽传染病和兽医公共卫生等6个研究室；是中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会、农业部血防专家咨询委员会的挂靠单位；拥有国家级工程技术研究中心1个、国家级实验室1个、农业部实验室3个、中国农业科学院实验室1个、共建研究平台2个
国家级工程技术研究中心：国家家禽工程技术研究中心（上海）国家级实验室：国家防治动物血吸虫病专业实验室农业部实验室：农业部动物寄生虫学重点开放实验室、农业部兽用化学药物及制剂学重点实验室、农业部动物产品质量安全生物性危害因子风险评估实验室中国农业科学院实验室：中国农业科学院兽药安全评价与兽药残留研究重点开放实验室共建研究平台：上海国家动物医学研究中心（中国农业科学院与上海市人民政府共建）、动物原虫病研究联合实验室（上海兽医研究所与日本国立原虫病研究中心共建）
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