中国农业科学院饲料研究所研究部门据2017年12月研究所官网显示，饲料所设有中关村开放实验室、转基因生物饲用安全评价与检测中心、2个基地，成立了饲料产业技术创新战略联盟；拥有2个国家工程研究中心、1个国家安全评价基地、1个农业部重点实验室、1个农业部基准实验室、1个农业部参考实验室、1个中国农科学院基准实验室
国家工程研究中心：生物饲料开发国家工程研究中心、国家饲料工程技术研究中心国家安全评价基地：国家水产饲料安全评价基地农业部重点实验室：农业部饲料生物技术重点实验室农业部基准实验室：农业部饲料安全评价基准实验室农业部参考实验室：农业部饲料工艺标准参考实验室中国农科学院基准实验室：中国农科学院饲料中药物基准实验室 研究所基地：南口基地、廊坊基地
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