中国农业科学院植物保护研究所研究成果据2016年11月研究所官网显示，研究所自“十二五”以来，获得各种科技成果奖励44项，其中国家科技进步奖3项，省部级奖25项，中国农业科学院科技成果奖6项，中国植物保护学会科技进步奖10项

“中国小麦条锈病菌源基地综合治理技术体系的构建与应用”荣获2012年度国家科技进步一等奖，“主要农业入侵生物的预警与监控技术“荣获2013年度国家科技进步二等奖，“青藏高原青稞与牧草害虫绿色防控技术研发及应用”荣获2014年度国家科技进步二等奖

获国家发明专利133项，实用新型专利9项

审定农作物新品种和获新品种保护4个，获得农药登记证11个，制定国家和行业标准99项

 通过科技下乡、科技兴农等方式，开展技术服务、技术转移，示范推广科研成果

2009年以来，研究所针对农业生产的实际需求，研发主要农作物重大有害生物防治的新技术、新产品和新品种等176项，其中93项得到广泛应用，有效地控制了农作物有害生物的发生和危害，实现新增社会经济效益23亿元左右，对农作物有害生物的治理发挥了作用

 中国农科院科技创新工程：在2013～2015年实施科技创新工程试点工作期间，中国农业科学院植物保护研究所主持国家级科研项目141项,发表SCI论文617篇，其中院选顶尖SCI核心期刊或相应级别论文9篇，2013年至2015年连续三年获得国家科技进步二等奖

 2016年11月，研究所推选的“盲蝽类重要害虫种群监测与绿色防控关键技术”“蛋白质诱导植物免疫技术体系的建立与产品创制”“小麦孢囊线虫综合治理关键技术研究与应用”3项成果获2016年度中国植保学会科技奖一等奖

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