中国农业科学院作物科学研究所合并建所2003年7月，按照国家科技体制改革的要求，由原作物育种栽培研究所、作物品种资源研究所和原子能利用研究所的作物育种部分经战略性重新组建为中国农业科学院作物科学研究所
2006年2月，举行中国农业科学院生物质能源研究中心揭牌仪式； 11月，国家科技部批准，依托中国农业科学院作物科学研究所组建全国农作物种质资源野外观测研究圃网
2009-2013年，研究所连续被评为中国农业科学院研究生管理先进集体
2009年1月，举行科技部“国际科技合作基地”揭牌仪式； 4月，举行国家杂粮加工技术研发分中心揭牌仪式
2010年12月，中国农作物基因资源与基因改良重大科学工程通过国家验收
2013年7月，在内蒙古自治区大兴安岭农场管理局甘河农场举行中国农业科学院作物科学研究所甘河试验基地揭牌仪式
2015年12月，中国农业科学院作物科学研究所青年工作委员会成立
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