中国农业科学院麻类研究所学科建设据2017年12月研究所官网显示，研究所拥有作物种质资源学、作物遗传育种学、农产品质量与加工、植物保护等4个学科领域和作物种质资源与利用、南方饲料作物资源与利用、一年生麻类作物遗传改良、多年生麻类作物遗传改良、作物栽培与收获技术、农产品加工微生物遗传改良与应用、麻纤维产品与加工技术、特色蔬菜资源与遗传改良、南方特色蔬菜质量风险评估、南方经济作物有害生物防控等10个研究方向
截至2013年10月，研究所有8个学术学位二级学科硕士点，其中有2个是自主设置学科；拥有1个专业学位类别硕士点
学术学位二级学科硕士点：微生物学、生物化学与分子生物学、农业机械化工程、作物栽培学与耕作学、作物遗传育种学术学位二级学科硕士点（自主设置）：作物种质资源学、农产品质量与食物安全专业学位类别硕士点：作物
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