徐州市农业科学院研究部门据2017年12月科学院官网显示，科学院拥有1个国家级改良中心、1个国家级技术研发中心、1个农业部重点实验室、1个中国农业科学院重点开放实验室；拥有国家现代农业产业技术体系小麦、棉花、水稻、大豆、花生等5个徐州（淮）试验站；设有7个研究部门、1个现代农业科技试验示范基地，院属1个江苏徐农种业科技有限公司
国家级改良中心：国家甘薯改良中心国家级技术研发中心：国家甘薯产业技术研发中心农业部重点实验室：农业部甘薯生物学与遗传育种重点实验室中国农业科学院重点开放实验室：中国农业科学院甘薯遗传改良重点开放实验室 院研究部门：小麦研究室、水稻研究室、棉花研究室、油料研究室、园艺研究室、植保研究室、铜山试验站
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