中国农业科学院蜜蜂研究所开拓发展2001年初，筹建“蜂胶深加工技术成果产业化工程”项目——昌平南口生产基地
2002年，成立具有现代企业特征的“北京中蜜科技发展有限公司”，设立了董事会和监事
同年底，完成了全所机构的调整和人员的聘用工作
2003年1月，全面启动新的《职工工资分配制度》和《科技项目管理办法》，原执行的《职工工资分配制度》进入档案工资进行管理
“中蜜科技发展有限公司”年底超额完成开发创收任务300万元，从此所里的经济状况呈良性发展
2004年12月，增设三个机构，成立科技成果推广部和产业基地管理部
成立所人力资源部，党办、人事工作划归人力资源部
2006年，开始博士研究生招生
2008年5月，科研处更名为科技管理处；设立蜂资源与遗传育种研究室、蜜蜂饲养与生物技术研究室、蜜蜂保护与生物安全研究室、昆虫授粉与生态研究室、蜜蜂产品研究室、蜂产品质量安全与评价研究室（农业部蜂产品质量监督检验测试中心（北京））、蜂业经济管理与信息研究室
2014年，研究所进入中国农业科学院科技创新工程
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