中国农业科学院特产研究所科研部门拥有两个所区，其中：长春所区，位于长春市净月区，占地210亩；左家所区，位于吉林市昌邑区，占地56.81平方公里
特产所设有10个研究室，9个实验室，建有特种动植物科研平台23个，其中国家重点实验室1个，省部级重点实验室5个；建有特种动植物资源库（圃）5个 中国农业科学院研究中心：中国农业科学院经济动物疫病研究中心吉林省重点实验室：吉林省中药现代化种植（养殖）技术重点实验室吉林省工程技术研究中心：吉林省现代中药工程技术研究中心吉林省科技创新中心：吉林省中花材及饮片加工转化科技创新中心、吉林省特种动物生物制品科技创新中心院研究室：特种经济动物、野生经济动物预防兽医学、经济动物人兽共患病、药用植物、特作园艺、动物生物技术、观赏动、特产经济、产品加工、新药创制院实验室：特种经济动物饲料与营养、繁殖技术、遗传育种，经济植物栽培、植保、植物营养，生物技术，特种经济动物病毒学、野生经济动物人兽共患病
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