农业农村部环境保护科研监测所科研部门根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部环境保护科研监测所拥有省部级实验室4个，工程中心2个，部级质检中心2个，省部级野外科学观测站、实验基地及引智基地5个，国际联合实验室3个，国家农业科技创新联盟2个，最高人民法院入册机构1个

 省部级实验室：农业农村部产地环境污染防控重点实验室、国家农业检测基准实验室（农药残留）、农业农村部农产品质量安全环境因子控制重点实验室、农业农村部农产品质量安全环境因子风险评估实验室 省部级工程中心：天津市农田生态与环境修复技术工程中心、天津市规模畜禽养殖场环境污染控制技术工程中心 部级质检中心：农业农村部环境质量监督检验测试中心（天津）、农业农村部植物生态环境监督检验测试中心（天津） 省部级野外科学观测站、实验基地及引智基地：国家农业环境大理观测实验站、中国农业科学院武清转基因生物农田生态系统影响野外科学观测试验站、国家农业科学试验站（湖南湘潭）、国家农业科学试验站（山东庆云）、国家引进国外智力成果示范推广基地“农业面源污染源监测及防控技术” 国际联合实验室：中芬农业环境技术联合实验室、中瑞农业和环境技术联合实验室、中瑞生物多样性与生态农业联合实验室 国家农业科技创新联盟：农产品产地重金属污染综合防控协同创新联盟、乡村环境治理科技创新联盟 最高人民法院入册机构：农业生态环境及农产晶质量安全司法鉴定中心 所属研究中心：农业环境污染修复研究中心、农业环境监测与预警研究中心、生态循环农业研究中心、乡村生态环境研究中心 

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