中国科学院科技战略咨询研究院科研部门据2023年3月研究院官网显示，中国科学院科技战略咨询研究院拥有3个决策服务单元、5个研究支撑服务单元、6个研究单元（研究所（部））、3个科学组织（国家一级学会）以及教育与传播部门等
决策服务单元（3个）：重大任务集成部、中国创新战略和政策研究中心、智库建设研究部研究支撑服务单元（5个）：学部咨询研究支撑中心、学部学科研究支撑中心、学部科学规范与伦理研究支撑中心、学部科普与教育研究支撑中心、综合集成部和第三方评估研究支撑中心研究单元（研究所（部））（6个）：科技发展战略研究所、创新发展政策研究所、可持续发展战略研究所、系统分析与管理研究所、科技战略情报研究所、产业科技创新研究部科学组织（国家一级学会）（3个）：中国科学学与科技政策研究会、中国优选法统筹法与经济数学研究会、中国发展战略学研究会教育与传播部门：公共政策与管理学院（与中国科学院大学共建）、信息网络与传播中心
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