中国科学院青藏高原研究所科研部门据2016年6月研究所官网显示，该所设科研有院重点实验室3个，院重点野外台站5个，在此基础上，推动羌塘（双湖）高原站和墨脱低地站的建设；2014年1月21日，根据中国科学院“率先行动”计划和深化科技体制改革要求，依托青藏高原所建设的中国科学院青藏高原地球科学卓越创新中心正式成立；另有加德满都科教中心
中国科学院重点实验室（3个）：青藏高原环境变化与地表过程重点实验室、大陆碰撞与高原隆升重点实验室、高寒生态学与生物多样性重点实验室 中国科学院重点野外台站（5个）：纳木错多圈层综合观测研究站、珠穆朗玛大气与环境综合观测研究站、藏东南高山环境综合观测研究站、阿里荒漠环境综合观测研究站和慕士塔格西风带环境综合观测研究站
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