中国科学院上海分院历史沿革上海解放时，属于原国立中央研究院的有驻沪办事处、医学研究所筹备处、动物研究所、植物研究所、化学研究所、工学试验所等6个机构；属于原国立北平研究院的有药物研究所、发生生理研究所、物理研究所结晶学研究室等3个机构

1949年6月，上海市军事管制委员会接管这些机构，同年11月转归中国科学院领导

1950年12月和1951年1月，又先后接管原由法国教会组织创办的徐家汇天文台和佘山天文台

1949年11月1日，中国科学院在北京成立，接着又在沪设立了中国科学院上海办事处

中国科学院于1950年开始在全院范围内进行研究机构的调整、扩充工作

1950年3月21日，经政务院批准，中国科学院华东办事处在上海成立，兼管设在南京的院属研究机构

1955年2月，仍改为中国科学院上海办事处

1958年11月，成立中国科学院上海分院

1963年10月，改为中国科学院华东分院，兼管设在华东六省的院属机构

1970年7月，中科院撤消分院体制，华东分院撤消，部分研究所实行中国科学院与上海市双重领导，部分研究所划给上海市领导

1977年11月，恢复成立中国科学院上海分院，划给上海市的原院属研究所，以及原分院附属机构全部划回，归中国科学院领导

所有独立机构实行以科学院为主、与上海市双重领导的体制

同时，上海市成立上海科学院，与中国科学院上海分院实行“两块牌子，一套班子”的管理机制；1987年7月，上海科学院实行独立建制

1997年2月，中国科学院上海分院与上海交通大学联合建立上海交通大学生命科学技术学院

2002年9月，中科院依托上海分院各研究机构成立中科院上海教育基地，分管研究生工作

2011年3月31日，中科院上海分院与香港中文大学在上海签订全面合作协议

2013年4月10日，中国科学院上海分院与复旦大学签订合作框架协议

2016年1月，中国科学院上海分院与嘉定区签署合作办学协议，将在嘉定区设立中科院上海实验学校，2017年起招生

2019年1月，中科院上海分院与俄罗斯科学院远东分院签署合作协议

 2020年7月7日，中国科学院上海分院与上海理工大学签署科教融合协同育人合作框架协议

 注：上海分院改为华东分院的时间，中国科学院上海分院官网院况介绍为1961年，上海市地方志办公室官网、《中国科技史料》等资料介绍为1963年10月

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