中国科学院南京地质古生物研究所学术期刊据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所共出版有《古生物学报》、《地层学杂志》、《微体古生物学报》、《Palaeoworld》和《生物进化》等期刊

 《古生物学报》《古生物学报》于1953年5月创刊，是古生物学及其相关的生物地层学综合性学术刊物，由中国古生物学会主办，中国科学院南京地质古生物研究所承办，主要刊载古生物学及其相关学科的原创性研究论文、报道古生物学动态和学术讨论，介绍古生物学研究的新技术、新方法的应用，以及对重要古生物论著的简介和评述等；是《化学文摘（美）》、《日本科学技术振兴机构数据库（日）》、《中国科学引文数据库》来源期刊

 《地层学杂志》《地层学杂志》创刊于1966年，是地层学及与其相关的地质学、沉积学、古地理学、古生态学、古气候学研究的学术性期刊，是科技部中国科技信息研究所“中国科技论文与引文数据库”、“中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）”收录期刊；中国科学院文献情报中心“中国科学引文数据库”核心期刊；《中文核心期刊要目总览》地质学类核心期刊；以下《中国地质文摘》、英国《动物学记录》、日本《科学技术文献速报》、美国《石油文摘》、美国《地质学题录与索引》、美国《乌利希国际期刊指南》检索系统收录

《微体古生物学报》《微体古生物学报》是亚洲地区惟一的一份在微体古生物学方面的学术刊物，于1984年创刊，主要刊登微体古生物学的最新研究论文，学术研究动态和学术思想的讨论；被《中国地理科学文摘》、《中国生物学文摘》、《全国报刊索引》、《生物科学信息》、《古生物学文摘》、《中国地质文摘》、《Science Citation Index》、《Bibliography and Index of Geology》、《BIOSIS PREVIEWS》等收录

《Palaeoworld》《Palaeoworld》期刊由中国科学院南京地质古生物研究所现代古生物学和地层学国家重点实验室主办，主要发表以中国及其周边地区为主的古生物学、地层学及其相关学科的研究成果；自2006年开始由出版社Elsevier出版，从2013年起成为SCI刊物，被Web of Science Core Collection数据库收录

 《生物进化》《生物进化》原名《古生物学文摘》，2006年起更名改刊为《生物进化》，被中国知网、维普中文期刊、中文科技期刊数据库收录，是ASPT来源刊、中国期刊网来源刊

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