中国科学院南京地质古生物研究所学科建设据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所是国务院学位委员会首批博士学位、硕士学位授予点，共有四个专业二级学科硕士研究生培养点，三个二级学科博士研究生培养点以及建有两个博士后科研流动站
二级学科硕士点（4个）：古生物学与地层学、地球生物学、地质工程、“矿物学、岩石学、矿床学” 二级学科博士点（3个）：古生物学与地层学、地球生物学、“矿物学、岩石学、矿床学” 博士后科研流动站（2个）：古生物学（古无脊椎动物学与古植物学）、地层学
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