东南大学医学院院系设置根据2015年8月学院官网显示，学院设有两个系，基础医学系设有生物工程学、病原生物学与免疫学、遗传学与发育生物学、生物化学与分子生物学、病理学与病理生理学、人体结构学与神经科学、生理学与药理学等专业；临床医学系设有内科学、外科学、妇产科学、儿科学、护理学、医学检验学、医学影像学、神经精神病学，肿瘤学、重症医学等临专业；数十个教研室
附属医院：东南大学附属中大医院
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