中国科学院新疆生态与地理研究所科研部门根据2015年12月研究所官网显示，研究所建有1个国家重点实验室，1个中科院重点实验室；1个国家研究中心，1个中科院研究中心
此外有9个野外台站，即新疆阜康荒漠生态系统国家野外科学观测研究站、新疆阿克苏农田生态系统国家野外科学观测研究站、新疆策勒荒漠草地生态系统国家野外科学观测研究站（上述3个为国家野外观测站）、中国科学院吐鲁番沙漠（植物园）研究站、中国科学院塔克拉玛干沙漠特殊环境研究站、巴音布鲁克草原生态站、莫索湾沙漠研究站、木垒野生动物生态监测实验站、伊犁河流域生态系统研究站
国家重点实验室：荒漠与绿洲国家重点实验室 国家研究中心：国家荒漠-绿洲生态建设工程技术研究中心 中科院重点实验室：中科院干旱区生物地理与生物资源重点实验室 中科院研究中心：中科院与自治区政府共建的中科院新疆矿产资源研究中心
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