中国医学科学院基础医学研究所研究领域在科研方面，重点强调疾病相关基因的功能基因组、基因表达调控、蛋白质组学、分子免疫以及医学遗传等方面的基础研究以及与临床相结合的转化医学研究
试图从分子、细胞、组织、器官到整体水平，从基础到临床，以系统整合生物学的思维方式及可能的方法，探讨疾病发生、发展的规律，为制定适合我国国情的重大疾病的早期预警和干预策略，以及防治方案提供科学依据
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