中国科学院新疆生态与地理研究所合作交流根据2015年12月研究所官网显示，研究所先后与与美国加州大学河滨分校、美国内华达大学共建了国际干旱区生态研究中心，日本静冈大学共建了中日干旱区生态研究中心，与德国国防大学、澳大利亚科工组织、中亚五国以及毛利坦尼亚、卢旺达共建了干旱区水与生态研究中心等7个国际研究基地

2014年，新建中国科学院中亚生态环境研究中心哈萨克斯坦分中心和吉尔吉斯斯坦分中心

 2014年度，新疆生地所国际交流与合作总量为133批405人次，其中派遣出访80批174人次，接待来访53批231人次，交流国别涉及41个国家和地区

出访中，中亚66%，非洲8%；来访中，中亚34%，非洲4%

组织召开了中亚干旱区生态与环境国际学术研讨会、中德“中亚干旱区生态系统可持续管理与环境演变”学术研讨会、中亚地理信息系统学术研讨会等8个国际和双边学术研讨会，派出参加了国际地球观测组织GEO第十次全会和第三次部长级峰会、美国地理学家协会年会等20个国际学术会议

 2014年与比利时、塔吉克斯坦、哈萨克斯坦、日本等国家相关科研单位签署了5项国际合作协议

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