中国医学科学院基础医学研究所文革前实研所的所在即是原协和医学院的前期各学系的原址，由著名解剖学家张鋆教授为首任所长，郭福芝任党总支书记，下设实验形态学系、生理学系、生物化学系、生物物理组、病理学系和病理生理学系，拥有张鋆、张作干、薛社普、张锡钧、梁植权、王克勤、王世真、刘培楠、李士谔、胡正详、杨简、王蘅文、华光等著名医学科学家和一大批中青年科技骨干，队伍严整，实力雄厚；到1965年，已发展成为全国知名的一流医学基础理论研究所，职工约有400余名 

1959年，在医科院院长黄家驷领导下，重建八年长学制医科大学，实研所有部分人员被调去支持恢复教学工作，先后重建和新建了解剖学、组织胚胎学、药理学、微生物学和免疫学、寄生虫学、公共卫生学和流行病学、统计学等教研室

此外，实研所有关学系还参与了10个专业班学生的培养，为充实医科院各院所基础医学各学科的教学和青年科研队伍输送人才

在"文革"期间，1969年末，实研所被全部迁移至四川省简阳县，并入医科院四川分院；1973年后，原协和医大基础各教研室也被缩编调整，一半教学人员及仪器教材调往原卫生部北京中医学院，其余教职员工成立基础教学组，直属医科院，一度并入北京协和医院（当时称首都医院），负责人有顾方舟、宋钦惠、徐静

在这一阶段，科研、教学工作均蒙受巨大挫折和损失

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