上海交通大学医学院附属新华医院科室设置医院设置有心血管内科、消化内科、呼吸内科、血液内科、肾脏内科、分泌内科、神经内科、肿瘤科、老年医学科、急诊医学科、普外科、肛肠外科、肝移植科、神经外科、心胸外科、泌尿外科、骨科、整形外科、麻醉与重症医学科、妇科、产科、眼科、耳鼻咽喉-头颈外科、口腔科、皮肤科、中医科、临床心理科、临床营养科、康复医学科、生殖医学中心、小儿内科、新生儿科、小儿心血管科、儿童内分泌科、发育行为儿童保健科、小儿外科、小儿神经科、小儿骨科、放射科、超声诊断科、核医学科、检验科、药学部、病理科
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