中国协和医科大学基础医学院对外交流基础医学院具有良好的学术交流和合作基础，在国内外享有较高的声誉和地位，许多专家在国际、国内学术机构担任重要职务
世界卫生组织（WHO）在所（院）设有免疫学研究合作中心和遗传病控制中心
中国免疫学会、中国生物医学工程学会、中国生化及分子生物学学会医学生化专业委员会、北京生理科学会、中华医学会医学遗传学会等学术机构挂靠在所（院）
《基础医学与临床》杂志，由所（院）与协和医院合作承办
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