中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所合作交流植物生理生态研究所与中国国内外多所大学及研究机构建立了合作关系，如：中国科学院-英国约翰·英纳斯中心植物和微生物科学联合研究中心、上海生科院湖州工业生物技术中心、上海工业生物技术中心、湖州农业中心、SIBS-ETH木薯生物技术研究中心、SIBS-Keygene植物分子育种联合实验室等
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