中国科学院东北地理与农业生态研究所合作交流国际合作2011年11月29日至12月3日，美国路易斯安纳州立大学王法辉教授来所进行学术交流

2011年10月9日-10月23日加拿大农业与农业食品部Neil McLaughlin博士和助手Stephen Burtt到该所进行了为期15天的访问和学术交流

2010年8月9日-14日对位于哈巴罗夫斯克的俄罗斯科学院远东分院水与生态问题研究所（Institute for Water and Ecological Problems， Far Eastern Branch， Russian Academy of Sciences）进行了友好访问和学术交流活动

据2015年10月研究所官网显示，研究所与德国马普学会化学研究所、俄罗斯太平洋地理研究所、日本地球环境综合国立研究所、日本北海道大学、日本作物研究所、澳大利亚联邦科工组织水土研究中心、韩国国家科学院地理研究所等分别签订了长期合作协议，在学术交流、合作研究及人才培养等多方面建立了稳定的合作机制

  院地合作2012年3月13日，白城市副市长刘红霞率团来该所访问交流

2010年8月，中国农业大学张福锁教授到海伦站进行学术访问

2008年8月23日，浙江省农业科学院专家来该所探讨菜用大豆育种合作事宜

此外，该所挂靠学术组织及学会有：中国科学院湿地研究中心、中国生态学会湿地生态专业委员会、吉林省地理学会、吉林省遥感学会、吉林省环境学会环境地学专业委员会、黑龙江省黑土资源保护与利用学会、世界黑土联合会

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