中国科学院福建物质结构研究所学科建设根据2016年3月研究所官网显示，中科院福建物质结构研究所研究生教育肇始于1964年，1978年恢复研究生招生制度后，成为国务院学位委员会首批批准有权接收培养博士、硕士研究生单位之一，是全国博士后管委会首批批准设立博士后科研流动站单位之一
博士后流动站2个，一级学科1个，6个博士点，6个硕士点，4个硕士专业学位领域
一级学科：化学 博士后流动站：化学、材料科学 博士点：无机化学、物理化学、有机化学、凝聚态物理、材料物理与化学、生物化学与分子生物学 硕士点：无机化学、物理化学、有机化学、凝聚态物理、材料物理与化学、生物化学与分子生物学 硕士研究生培养点：材料工程、生物工程、光学工程、化学工程
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