中国科学院战略研究中心机构合作在工作中形成了与院科技政策与管理研究所、自然科学史所、文献情报中心的紧密合作层；与北京大学、清华大学、中国人民大学等高校、中国社会科学研究院、北京科学技术研究院的项目合作层；与国外相关研究人员或机构的弹性合作机制
在积极完成院交办的研究和工作任务外，还承担了国家发改委、科技部、人事部、中国科协、国家软科学计划、自然科学基金、北京市科委、北京市知识产权局的项目
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