美国国立卫生研究院基金项目NIH的根本任务就是合理使用纳税人的钱支持生物医学研究，因此，NIH需要根据其资助策略制定合理的基金分配及预算方案

其中约82% 的预算用于NIH 的院外研究项目(extramural research program)，系通过基金或协议的方式资助美国国内外2000余个研究机构；10% 的预算用于NIH的院内研究项目(intramural research program)，资助NIH内部直属实验室的2 000余项研究项目；另有约8% 左右的预算作为院内院外研究项目的共同基金

NIH的院内研究项H归院内研究处管辖，负责所有与院内研究、培训、技术转让有关的政策法规、审核、立项、实施管理及实验室、临床医院之间的协调等

NIH的院外研究项目由院外研究处管理，负责NIH基金政策的制定、实施等

对NIH以外的研究机构主要有三种资助方式：基金(grants)、合作协议(cooperative agreements),和约(contracts)

基金是最主要的资助方式， 支持各种与人类健康相关的研究项目和培训计划，一般由申请者个人提出研究日标，经评审通过后获得基金支持， 资助年限l～5年， 资助机构不参与项目的研究过程；合作协议则事先由资助机构对研究计划提出相应规定并发布特别申请须知ra specific request for applications，RFA)，有时为了激发科学家对某些特殊领域的兴趣，还会发布项目声明(a program announcement，PA)；研究与开发(research and development，R&D)合同则是资助学术机构、非盈利性或商业性机构就NIH感兴趣的特殊领域进行研究和开发，例如，抗乳腺癌和卵巢癌的化疗药物Taxol(泰素)的研发就是NIH签署的众多协议之一

NIH的研究基金(the NIH research grant budget)分四种：研究项目基金(research project grants，RPGs)、研究中心基金(research center grants)、小业创新研究一小企业技术转让基金(small business innovative research—small business technology transfer grants．SBIR—SBTTG)及其他研究基金(other research grants)

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