中央研究院迁台1949年，国民党当局迁台

12月，历史语言研究所的全部以及数学研究所的部分共二千多箱重要图书、文物、仪器、设备运往台湾，迁至台北的台湾大学，暂存在桃园县杨梅镇（今桃园市杨梅区）火车站仓库；其余研究所皆留置于中国大陆，并发展为后来中国科学院之主体（中国科学院早期的外文译名亦一直沿用Academia Sinica，现多采用英语Chinese Academy of Sciences，但仍有部分研究所沿用拉丁文译法）

由于多数院士及中央研究院第一届院士会议所选出之第三届评议员32人亦都留在大陆或留置国外，在台者仅有吴大猷、朱家骅、凌鸿勋、李先闻、吴敬恒、胡适、傅斯年、李济、董作宾、王世杰、王宠惠等人，不足法定人数，两会无法召集并行使职权，台“中研院”陷入半停顿状态

1954年，经朱家骅多方奔走，在台北市南港区现址营建院区

植物研究所在台“复所”

1955年，成立中央研究院近代史研究所及中央研究院近民族研究所筹备处

1957年，多方讨论出“以报到登记人数为实有全体人数”之办法并呈奉台湾当局领导人令准，于4月2日在台举行第二次院士会议，4月3日举行第三届评议会首次会议

同年12月，胡适继朱家骅之后担任院长，次年正式就职

化学研究所在台“复所”

1958年，举行第三次院士会议

1959年，举行第四次院士会议

同年动物研究所在台“复所”

1962年，举行第五次院士会议，王世杰担任院长

成立“经济研究所”筹备处，“物理研究所”在台“复所”

1970年，钱思亮继王世杰之后担任院长

成立生物化学研究所

1974年，举行第十一次院士会议

成立美国文化研究所

1975年，三民主义研究所成立

1976年，成立地球研究所筹备处，次年成立资讯研究所筹备处

1978年，举行第十三次院士会议

1980年，举行第一次国际汉学会议

1981年，成立生物医学科学研究所、“原子与分子科学研究所”筹备处

1983年，吴大猷接任院长

1986年，举行第二次国际汉学会议

1989年，成立中国文哲研究所筹备处

1991年，ICSU在台首次学术研讨会

成立欧美研究所

1993年，成立天文研究所、台湾史研究所筹备处

1994年，旅美科学家李远哲赴台接任院长

1995年，成立社会学研究所筹备处

1997年，成立语言学研究所筹备处

1998年，成立生物农业研究所筹备处

2002年，成立政治学研究所筹备处

2004年，成立“社会学研究所、 法律学研究所筹备处

2005年，“动物研究所、植物研究所更名为细胞与个体生物学研究所、植物暨微生物学研究所

2006年10月，翁启惠接任院长

2008年，举行第二十八次院士会议

2010年，举行第二十九次院士会议

2012年，举行第三十次院士会议

2014年，举行第三十一次院士会议

2016年，举行第三十二次院士会议

2018年，举行第三十三次院士会议

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