中国南海研究院研究成果经过多年的探索和发展，中国南海研究院已经形成了跨学科的南海研究学，在南海史地、地缘政治、地区安全、国际法、外国军力、21世纪“海上丝绸之路”建设、海南自贸区（港）建设等领域取得了一系列重要的学术成果，创立了“数字南海”、“南海文献专业数据库”、《两岸南海地区（年度）形势评估报告》、“民国南海档案”、外国军力报告等一批享誉国内外的学术品牌

主要出版物：《南沙争端的起源与发展》《海疆声音—吴士存南海问题热点问题应答选编》《美国在亚太地区的军力报告（2016）》《中国视角：解决南海争端，推进地区合作发展》（Solving Disputes for Regional Cooperation and Development in the South China Sea: A Chinese perspective）《中菲南海仲裁案》（Arbitration Concerning the South China Sea: Philippines versus China）《南沙争端的起源与发展（日文版）》（中国と南沙诸岛纷争-问题の起源、経纬と「仲裁裁定」後の展望，花伝社）《日本军力报告（2018）》等

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