中国地质调查局青岛海洋地质研究所科研部门根据2017年8月研究所官网显示，中国地质调查局青岛海洋地质研究所作为国家海洋科学与技术实验室海洋矿产资源评价与探测技术功能实验室和深远海资源实验平台的牵头建设单位，同时拥有自然资源部重点实验室2个，中国地质调查局重点实验室1个
此外，中国地质调查局海岸带地质及大陆架地质研究中心、中国-荷兰海岸带地质研究中心挂靠该所
自然资源部重点实验室：自然资源部海洋油气资源与环境地质重点实验室、自然资源部天然气水合物重点实验室中国地质调查局重点实验室：中国地质调查局滨海湿地生物地质重点实验室
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