日本理化学研究所建制变化日本资本主义之父涩泽荣一于1917年设立的大型自然科学研究机构
二战期间曾为日本核研究的研究机构
1917年（大正6年）涵盖物理学、化学、工学、生物学、医科学等领域，由基础研究至应用研究均有执行之日本国内唯一的自然科学系综合研究所
作为一间以优异研究成果享誉国际的研究机构，在日本国外以"RIKEN"之名称闻名
铃木梅太郎、寺田寅彦、中谷宇吉郎、长冈半太郎、嵯峨根辽吉、池田菊苗、本多光太郎、汤川秀树、朝永振一郎、仁科芳雄、菊池正士知名科学家皆在此参与研究
在第二次世界大战前曾经形成以理研控股为名的企业集团（十五大财阀之一），随着日本盟军占领时期，而遭到驻日盟军总司令部（GHQ）解散
于1958年（昭和33年）以特殊法人“理化学研究所”之名义重新出发，于2003年（平成15年）10月改组为文部科学省辖下的独立行政法人“独立行政法人理化学研究所”
2014年起发生小保方晴子的STAP细胞风波，导致胚胎学研究者，理化学研究所再生中心副所长笹井芳树自杀
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