上海自然科学研究所生物学科生物学科的第一任委员是岸上鎌吉博士，由于他于民国18年去世，由矢部吉祯教授继续领导各项准备工作

民国20年研究所建立之初，学科设置了5个研究室

鱼类研究室该室在预备时期即已在岸上委员的指挥下开始进行扬子江鱼类以及其他淡水生物的调查

民国16～18年，他3次赴扬子江进行实地调查

当时采集的标本，由木村重整理、研究，在民国23年用中文（《简报》）、英文（《日报》）发表成果报告

此外，鱼类研究室还进行了其他课题的研究，如木村对中国以及伪满洲的淡水鱼类、其他淡水动物的分类学或生态学的研究；富山进行的中支海产以及淡水产水产物的研究等，都取得了一些研究成果

昆虫学研究室研究室创立以来由大内义郎负责

因设备以及事变等原因，正式研究始于民国21年4月，一方面进行综合研究，另一方面努力激起学界对这方面研究的关心

动物生理学研究室研究室创设以来由富田军二负责

动物生理学不论是对中国还是日本都比较新颖，其研究范围很广，进行的研究有纤毛运动生理学研究、鱼类色素细胞生理学研究等

植物生理学研究室研究室以菌类的生理学研究为主，就有关中国丝状菌的代谢生理进行研究，由肥田负责，并进行棉花的研究

此外，研究室进行以有用菌类的检索、分离和利用为主的基础研究

植物分类学研究室研究室创立以来由御江久夫负责

主要课题是《中国产显花植物的分类学的研究》，研究范围仅仅局限于扬子江下游的数省和福建省的一部分

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