上海自然科学研究所卫生学科在决定创立上海自然科学研究所的筹备大纲中并不设置卫生学科
民国20年9月由第一任署理所长、当时东京帝国大学卫生学教授横手千代之决定设立，并任命东大卫生学教室值勤小宫义孝为创立准备员
在研究所建所之初，其开设还只是个形式，学科实际只是病理学科内的卫生学研究室
在研究上突出三个主要方面，即研究中国地下风土的环境对居民健康的影响；对在中国居住特别是中国人的生活状态的社会卫生学乃至生态统计学的研究；对在中国居住特别是中国人的体格、体力及作业能力进行研究，尤以第三方面为主，上海事变前完成了此项研究
民国22年开始寄生虫的研究，首先调查中国中部特别是上海地区的寄生虫蔓延状况
以日本和华人学虫、一般民众的感染状况、对家畜的感染状况为主进行调查，此外，由病理学科病理解剖研究室的川名浩协同，进行有关在扬子江流域蔓延的有关肝脏肝蛭的研究
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