英国国家医学研究所步入21世纪2003年，作为英国医学研究理事会长期战略的一部分，Skehel宣布了计划考虑将NIMR的位置迁移到大学，以增强其“将生物医学研究转化为实际健康成果的能力”
伦敦大学学院被选为接收院校，并选定伦敦市中心附近的一个地点最为其研究场所
2006年9月，Skehel卸任NIMR主任，而Keith Peters爵士成为代理主任
当年7月，MRC宣布邀请了加利福尼亚理工学院的Scott Fraser接任该董事职位
2015年4月1日，NIMR与英国癌症研究中心共同发起成立新的弗朗西斯·克里克研究所
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