巴斯德研究所从事工作1）生物基础研究，2）生物医学和生物技术的应用，3）教学中心4）国家参考中心和国际卫生组织合作中心，5）生物合同和许可证鉴定，6）医院（在医院中往往附有国际疫苗中心）

巴斯德研究所共有100个研究单位或称研究组，包括在10个部门中，它们是：a）细菌学和真菌学；b）生态学；c）病毒学；d）免疫学；e）生物化学和分子遗传学；f）分子生物学；g）生理病理学；h）生物技术；i）艾滋病与反病毒；j）普通医学

中国科学院上海巴斯德研究所是由中国科学院、上海市政府和法国巴斯德研究所三方合作建设的科研机构，是中国科学院上海生命科学研究院的成员单位

中国科学院上海巴斯德研究所于2004年10月11日举行揭牌仪式，法国总统希拉克、中国科学院副院长陈竺、上海市副市长唐登杰、法国巴斯德研究所所长菲利普.库里尔斯基出席了揭牌仪式

上海巴斯德研究所首次引进法国著名病毒学家杜文圣教授担任所长，他曾担任法国里昂P4实验室负责人

中方所长为国际著名免疫学家臧敬五教授，他们均为优秀的科学家并具有丰富的管理国际科研机构的经验

上海巴斯德研究所实行理事会领导下的所长联合负责制，努力建成一个为中国及上海地方提供传染病研究的公共平台

作为巴斯德研究所全球研究、医疗网络的成员之一，上海巴斯德研究所的科学家将同全球最顶尖的传染疾病专家协作，共享最新资源和研究成果，争取建设成为世界公认的高水平研究机构

上海巴斯德研究所（筹）的宗旨是致力于中国传染病领域的研究、特别是病毒性疾病，服务于中国公共健康需求

组织针对传染性疾病的基础与临床相结合的攻关性研究，创建以研究生教育为主、兼顾各层次专业培训的教育基地，推动技术创新和科技成果转化，以多种方式为公众健康服务

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