北京师范大学刑事法律科学研究院机构设置研究院已设立学术委员会，并将与学校其他法学单位共建校学位委员会法学分会
研究院以常设机构研究所为基本架构，并辅之以研究交流中心、项目办公室，从而保障和促进研究工作的正常开展与繁荣、深化
研究院已设立及拟设立的研究所主要有：（1）中国刑法研究所；（2）外国刑法与比较刑法研究所；（3）国际刑法研究所；（4）犯罪学与刑事政策学研究所；（5）犯罪与矫正研究所；（6）刑事诉讼法研究所
研究院已设立及拟设立的研究交流中心暨项目办公室主要有：（1） 中日刑事法研究中心；（2） 中美刑事法研究交流中心；（3） 中欧刑事法研究交流中心；（4） 中俄刑事法研究交流中心；（5） 中国区际刑事法研究交流中心；（6） 刑事法律制度与司法改革研究中心；（7） 促进国际刑事法院项目办公室
研究院还设立有处理日常事务的办公室
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