中国科学院苏州生物医学工程技术研究所研究部门截至2022年底，苏州医工所设立了9个研究室（中心），建成半导体照明联合创新国家重点实验室——光与健康研究基地（苏州）、中科院生物医学检验技术重点实验室、江苏省医用光学重点实验室、中科院先进体外诊断技术工程实验室和10个苏州市高技术重点实验室
研究室（中心）：医用光学技术研究室、医学检验技术研究室、医学影像技术研究室、医用电子技术研究室、医用声学技术研究室、康复工程技术研究室、光学与健康研究中心、工程化研究中心、医疗健康信息中心
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