中国地质科学院水文地质环境地质研究所组织宗旨水环所以“开展水工环地质研究，促进地质科技发展”为宗旨，结合国家经济建设和社会发展的需要，从事地下水资源调查评价、开发利用和水环境保护的理论与技术研究，重视环境地质和地质灾害研究工作，推动水工环学科创新体系建设；重点研究和解决国民经济建设中带普遍性、关键性、战略性、公益性和区域性的水工环基础理论和技术问题；在区域水循环、水文地球化学、同位素水文地质、黄土与全球变化、农业地质、城市地质、地下水微生态学等分支学科和专业编图方面做出了开创性贡献，为国土资源开发、整治、保护和合理利用提供科学依据

 该所建立了实力雄厚的科技开发队伍，持有国家甲级环境影响评价证书、甲级工程勘察证书、甲级环境工程设计证书、甲级地质灾害防治工程勘查证书、甲级建设项目水资源论证等有关资质证书

经过50多年的积累与发展，形成了具有鲜明特色的水工环科学技术优势，先后承担和完成了国家、省部级项目和重大科研攻关项目1000多项，取得了丰硕的科研成果，其中有200多项获国家自然科学奖、省部级科研成果奖

改革开放以来在国际交流与合作方面，先后与40多个国家和地区建立了联系，积极开展多种形式的国际学术交流与合作研究，主办或承办多次国际学术会议、国际地下水资源调查评价技术培训和野外地质旅行考察，国际交往和国内学术交流活动日益加强

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