司法文明协同创新中心组织机构中心设立理事会，作为重大发展事项的决策机构，理事会由15人组成，由各协同高校委派2人（科研处长、中心主任），其他协同单位和赞助人代表9人担任
理事任期4年，可连选连任
理事会设理事长1人，副理事长若干人，由理事会选举产生
中心设立学术委员会，作为中心最高学术决策机构，学术委员会由15人组成，委员应具有较高学术造诣和学术声誉，由协同高校推荐，中心主任联席会议选聘，任期4年，可连选连任
学术委员会设主席1人，副主席若干人
主席、副主席由中心主任联席会议提名，由学术委员会选举产生
中心实行主任负责制
主任由协同高校分别选聘1人，任期4年，可以连任，报理事会备案
中心主任对各协同高校的中心工作负责
设立中心主任联席会议和轮值主任制度
主任联席会议每3个月召开一次，研究决定中心工作，并负责拟定须经理事会和学术委员会审议决定的文件
轮值主任由协同高校中心主任轮流担任，任期一年，负责主持中心年度日常工作，主持主任联席会议，代表中心对外联系等工作
轮值主任的轮值顺序为：中国政法大学、吉林大学、武汉大学
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