国家食品安全风险评估中心机构设置评估中心首届理事会由19人组成，其中理事长1名、副理事长2名，理事16名
评估中心组建初期核定财政补助事业编制200名
根据职责要求设置业务技术部门和职能管理部门，其中业务技术部门包括风险评估、风险监测、风险交流、风险预警、食品安全标准、残壁实验室、数据/信息分析等单元，同时设立国家食品安全风险评估专家委员会秘书处和食品安全国家标准审评委员会秘书处
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