水利部重点实验室管理方法水利部科技主管司局是实验室的归口管理机构
主要职责是制定相关政策办法，对实验室的布局、规模进行总体规划和统筹安排，组织实验室认定和考核评估，多渠道争取项目和经费支持实验室建设
依托单位是实验室建设和运行管理的具体负责单位
主要职责是组建实验室领导班子，提供后勤保障以及经费等配套条件，组织年度考核，解决实验室建设与运行中的有关问题
实验室实行依托单位领导下的主任负责制
设主任一人，副主任若干人
实验室主任应是本领域高水平的学术、学科带头人，具有较强的组织管理和协调能力，年龄一般不超过六十岁，任期为五年
依托单位聘请国内外优秀专家组成学术委员会，审议实验室的目标、任务和研究方向，审议实验室的重大学术活动、年度工作，审批开放研究课题
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