中国科学院计算机网络信息中心组建之后1997年8月29日，中国科学院发文授权计算机网络信息中心组建中国互联网络信息中心，承担CNNIC的运行和管理工作
1998年6月1日，中国科学院计算机网络信息中心首次面向社会开展“网络科普开放”活动
1999年4月26日，中国科学院科学数据库专家委员会和计算机网络信息中心提出《关于建立“基于科学数据库的知识创新科研环境”的建议》
其总体目标是建立支持科学研究的基础数据积累和现代化的科学研究环境
2000年7月，中科院下发《关于调整院信息化工作领导小组办公室的通知》（院科发技字﹝2000﹞0319号），决定由中国科学院计算机网络信息中心承担院信息办的职能，在信息化领导小组的领导下负责全院信息化工作的规划和协调，同时任命中国科学院计算机网络信息中心主任阎保平同志兼任院信息办主任；9月，中国科学院决定将院机关网络中心整建制并入中国科学院计算机网络信息中心，成立OA技术与应用研究室，继续为院机关各部门提供信息服务与技术支撑
2002年1月，中国科学院计算机网络信息中心进入中国科学院知识创新工程，战略定位为中国科学院信息化建设、运行与服务的支撑机构和下一代互联网络技术的研发基地
2004年1月17日，中共中央政治局常委、国务院总理温家宝听取了由中国科学院计算机网络信息中心主任阎保平博士所做的有关中国科学院信息化建设支撑平台建设情况的汇报
2005年12月21日，中科院计算机网络信息中心与中科院高能物理所通过紧密合作，成功地在科学数据库超级数据服务器上部署了LCG节点，名称为“BEIJING-CNIC-LCG2-IA64”，并成为欧洲数据网格认可的正式节点，正式对外提供服务
2006年4月，中科院计算机网络信息中心在青海湖国家级自然保护区鸟岛观测站成功部署首套网络视频监控系统
2007年9月，经院秘书长办公会议批准，在中科院计算机网络信息中心、动物研究所、武汉病毒研究所、寒区旱区环境与工程研究所、微生物研究所和遥感应用研究所前期所开展的青海湖区域重要野生动物及生态环境跨学科协作研究工作的基础上，中科院与青海湖国家级自然保护区正式成立“中国科学院青海湖国家级自然保护区联合科研基地”
2010年1月，中科院计算机网络信息中心与美国西北大学国际高级互联网研究中心（iCAIR）在北京签署战略合作备忘录，参加全球网络创新环境（GENI）国际合作
2011年5月，中科院计算机网络信息中心与新疆生地所合作，开展波斑鸨观测研究，在国际上首次拍摄到了波斑鸨孵化的视频
2014年1月1日，计算机网络信息中心北京超级云计算和国家重要信息化基础平台项目（一期）整体运行，正式交付使用
2015年11月29日，计算机网络信息中心完成职能部门调整，撤销原综合办公室、科技处、基建处，调整后中心职能部门为综合处、业务发展处、人事教育处、财务处和资产行政处
2016年1月18日，计算机网络信息中心与云南无量山、哀牢山国家级自然保护区签订信息化战略合作协议，双方约定在网络基础设施信息化建设、保护区数据资源建设等方面开展合作
2017年11月29日，计算机网络信息中心在国际电信联盟ITU提交的“The global view of Internet of Things identification”技术报告提案立项成功，该提案参与单位有中国信息通信研究院、南京邮电大学和中国电信等
2018年6月6日，计算机网络信息中心与紫光集团旗下新华三集团、紫光云数技术有限公司在京签署三方战略合作协议，共同成立“中国科技云技术发展研究院”
2019年7月16日，计算机网络信息中心设立先进网络技术与应用发展部，同时撤销未来网络技术与应用实验室、物联网信息技术与应用实验室
2020年5月13日，作为第一批倡议方，与国家发展改革委等部门发起“数字化转型伙伴行动”倡议
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