复旦大学生物医学研究院组织结构国家973项目“人类重大疾病蛋白质组学”首席科学家贺福初院士将担任院长
生物医学研究院实行平台管理委员会领导下的首席科学家负责制，管理上遵 循国际通用的PI管理模式
研究院配置了国际先进的科研设备，创建了独特的共享体制
机制上采用灵活的方式与各院系和附属医院进行共建
研究院下设九个研究所/中心
即：基因组学与表观基因组学研究所、蛋白质组学与系统生物学研究所、药物学与结构生物学研究所、发育生物学与出生缺陷研究所、干细胞与组织工程研究所；心脑血管疾病研究中心、癌症研究中心、病理研究中心、传染病与公共卫生研究中心
此外，以研究院为载体，建立了复旦大学出生缺陷研究中心和复旦大学中国重大疾病样品库
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