复旦大学生物医学研究院研究成果截至2008年底，生物医学研究院全职人员和双聘人员共申请到国家和地方科研项目批准经费额度总计5.4344亿元，其中全聘人员（包括分时PI）共申请到1.2063亿元项目批准额度，双聘人员共申请到约4.2280亿元项目批准额度，到位经费总额约为1.1233亿元

2008年12月底，发表署名含生物医学研究院的论文共有347篇,SCI论文311篇，总IF达1334.6，平均IF为4.3，研究论文大部分发表在跨学科的综合交叉的顶尖刊物上，包括Cell, Nat Medicine, Nat Genetics, Nature Cell Biol，PNAS, 以及一级/二级学科的权威刊物等

据2019年2月学院官网显示，研究院成立至今，共发表SCI论文约1600篇，影响因子大于20（含CNS刊物）的论文共计22篇

其中表观遗传学团队在组蛋白修饰、非编码RNA、表观遗传调控研究、代谢和分子细胞生物学团队在乙酰化蛋白质组及共代谢通路、代谢与肿瘤研究领域居于世界前列

2014年通过的国际评估被专家称为“相关领域的研究水平已经接近美国顶级生物研究机构”

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