中国自然科学博物馆学会机构设置最高权力机构该团体的最高权力机构是会员代表大会，会员代表大会的职权是：（一）制定和修改章程；（二）选举和罢免理事、监事；（三）审议理事会的工作报告和财务报告；（四）制定和修改会费标准；（五）决定终止事宜；（六）审议修订该团体的宗旨、使命、工作目标和任务；（七）决定其它重大事宜

会员代表大会须有2/3以上的会员代表出席方能召开，其决议须经到会会员代表半数以上表决通过方能生效

会员代表大会每届5年

因特殊情况需提前或延期换届的，须由理事会表决通过，报业务主管单位审查并经社团登记管理机关批准同意

但延期最长不超过1年

 执行机构理事会是会员代表大会的执行机构，在闭会期间领导该团体开展日常工作，对会员代表大会负责

理事会的职权是：（一）执行会员代表大会的决议；（二）选举和罢免理事长、副理事长、秘书长、常务理事；（三）筹备召开会员代表大会；（四）向会员代表大会报告工作和财务状况；（五）决定会员的吸收或除名；（六）决定办事机构、分支机构、代表机构和实体机构的设立、变更和终止；（七）决定副秘书长、各机构主要负责人的聘任；（八）领导该团体各机构开展工作；（九）制定内部管理制度；（十）制订该届理事会任期内学会的发展方向、工作目标和工作任务；（十一）决定名誉职务的设立；（十二）决定其它重大事项

理事会须有2/3以上理事出席方能召开，其决议须经到会理事2/3以上表决通过方能生效

理事会每年至少召开一次会议，情况特殊时，也可采用通讯方式召开

该团体设立常务理事会

常务理事会由理事会选举产生，在理事会闭会期行使第十八条第一、三、五、六、七、八、九项的职权，对理事会负责（常务理事人数不超过理事人数的1/3）

常务理事会须有2/3以上常务理事出席方能召开，其决议须经到会常务理事2/3以上表决通过方能生效

常务理事会至少半年召开一次会议

情况特殊的，也可采用通讯方式召开

 组织机构据2023年4月学会官网显示，中国自然科学博物馆学会下设秘书处和15个分支机构

 分支机构自然历史博物馆专业委员会科技馆专业委员会水族馆专业委员会天文馆专业委员会专业科技博物馆专业委员会湿地博物馆与自然保护区专业委员会地学博物馆专业委员会科普场馆特效影院专业委员会学术工作委员会科普工作委员会组织、会员与宣传工作委员会外事工作委员会技术工作委员会展项研发及环境设计工作委员会青年工作委员会 

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