中国林业科学研究院湿地研究所科研部门根据2020年4月研究所官网显示，中国林业科学研究院湿地研究所下设5个研究室，此外设有4个国家级湿地生态定位站与1个院级生态定位站
国家级科研中心：中国湿地生态系统定位研究网络中心国家级湿地生态定位站：四川若尔盖高寒、北京汉石桥、河北衡水湖、广东湛江红树林省部级科研中心：北京湿地中心省部级重点实验室：湿地生态功能与恢复北京市重点实验室院级湿地生态定位站：河北雄安新区 所属科研部门：湿地景观设计研究室、湿地恢复研究室、湿地生态过程与环境效应研究室、湿地规划与管理研究室、生物多样性研究室
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